日本宪兵队机关和伪满当局根据七三一部队的要求，经常把华中、东北各地的中国人、苏联人、蒙古人和朝鲜人秘密地押送到七三一部队，供细菌试验之用。被押送的人大多数是被俘的八路军、新四军、苏联红军、地下工作者和反满抗日的工人、教员、学生、还有所谓的政治嫌疑犯。

　　在运送期间，恐怕暴露罪恶的秘密，日本宪兵队官方给被押送人员规定了一个专用名词："特殊材料""特别输送"。据日本宪兵署的文件记载，自从一九三九年起，就有"特别输送俘虏"之事。日本关东军宪兵司令城仓少将于一九三九年发布过将三十名俘虏"特别输送"到石井部队的第二二四号命令。

　　命令中明确规定："第二批特殊运送人员约九十名除留下六十名送达目的地外，其余诸人在到达哈尔滨时即交付石井部队长"。并要求"须事先将应交付石井部队的人员区分开来，以免在交付时发生延误"。还要求" 哈尔滨宪兵队长须与石井部队长取得密切联系，保证在哈尔滨站及以后途中竭力防止外国侦探，并采取必要监督办法。"

　　哈尔滨宪兵队备有专用的囚车，车体是灰绿色，左右两侧安装两个实际不透明的窗户，车底设有通气孔。这种囚车频繁地活动在哈尔滨--平房之间的砂石公路上。每次行动都是日本军人武装押送，大约每周运送一次，输送的数量不等，有时二三十人，有时四五十人。囚车不时发出刺耳的怪叫声，日本兵把在室外作业的中国劳工撵到屋子里，不让偷看。有时被迫趴在地上的中国劳工斜视偷看，就会被押送的人都补蒙上了眼睛，并带着沉重的手铐、脚镣。

　　曾在动力班当过劳工的人证实，差不多每星期六下午有一辆囚车开来，把在押人员从南门或东门押进"兵营"（当时中国人称呼四方楼的大院为"兵营"）只见成年累月地抓人，但从来没看见过有人出去的。

　　这些被抓来的人都押在"方型楼"中间的特设牢房里。秘密监狱是两座白色的两层小楼，分七栋、八栋。七栋位于主楼东侧的广场上，八栋在主楼西侧空场。被抓进的人男女都分别被监押，有时可以监押百八十人。这两座监狱通过地下道和解剖室、各试验室、焚尸炉相连接。

　　监狱的防卫是保密的，四周借用三屋楼墙壁圈围着，只有和主楼连接处有一铁制的便门，设有武装岗哨。只要把住这个铁门，在押的人是无法逃脱的。平顶楼房的南端和北端是两处五层楼高的制高点，设有监视哨，在押的人一切活动都会看得一清三楚。

　　据川岛清在远东军事法庭上供认，从一九四零年到一九四五年八月，每年有五六百人被"特别输送"到这里。伪满陆军宪兵队日本顾问立花武夫供称："我管辖下的宪兵署特务处所审讯的一种人，必须予以消灭"，"在这些人当中，有极端仇视日本的在满洲的游击队员，我们把他们送到七三一部队加以消灭。"

　　日本宪兵队当局的"特别输送"，使石井四郎非常满意。前哈尔滨日本宪兵署副官木村在被审讯时供认："在一次石井与哈尔滨宪兵署长春日芳谈话时，石井曾说，相信将来和过去一样，继续得到被捕的人作试验。"

　　 我们再翻阅一下对日本细菌战犯的审讯记录，原七三一部队细菌生产部部长川岛清供认："我曾亲眼看见第一部（细菌研究）的工作人员从宪兵队方面领道大批犯人。"他还说："我在该部队供职期间，多次同古井四郎将军一起去视察监狱的情况，所以我知道监狱里处理犯人、管制犯人和因禁犯人的某些详细情形。""一九四二年我视察过这个监狱，看见一间牢房里关着两个俄国人，其中一个俄国女人带着在监狱中生下的婴儿。我在该部队供职期间，这两个女人还活着，以后她们的命运怎样，我不知道。但无论如何，他们决不会活着出去的。"

　　事情果然是这样的，不仅这两个俄国女人没有活着出去，而且所有在押的人都没有逃脱细菌试验而活着出去。