针对日本驻沈阳总领事馆事件，日本媒体略为降温，放低其一致非难中国的声调，是在事件发生的三天之后。
5月11日，中国外交部公布有关的调查报告，强调此乃“偶发事件”，并指出中国武警是在日本副领事同意的情况下进入领馆的。显然，中日双方对基本事实的叙述有巨大的出入。中国武警进入领馆及将“不明身分人士”带走，是否有获得日方的同意，是双方争论的焦点。因为，如果事实有如中方所述一般，日本官方与媒体同声指责中国两大罪名之一的侵犯日本“主权”问题(另一罪名是“忽视人权”)就不成立。
对于中方的说法，日本外务省一口否定，并随后发表其调查报告，进行反驳。此刻的日本媒体虽然略为降低谴责中国的声调，但有关中国武警阻拦朝鲜妇孺的镜头仍在反复播放与刊登，一部分论者还根据这些画面，怒责中方“公开说谎”。
从强调“主权”转为“人权”
不过，随着中方进一步透露有关经过的详情，越来越多的日本人认识到：日方的反论有自相矛盾和无法自圆其说之处。特别是中方提出的诸多关键性内容，包括副领事曾以手机向其上司请示及向中方致谢等，是外务省原本所遗漏或掩盖的。两相比较，一般民众即使不全信中方的说法，也不能不对日方的调查报告大打折扣。侵害主权之说遂告动摇。细心的观众不难察觉到，此刻日本电视的镜头已逐步从突出武警，转为哭泣的小女童，即强调人道问题。
不过，有趣的是，即使是日方口口声声强调的“人权”与“人道”问题，也由于下列的两项事实被揭发而引起舆论界哗然。
其一是在沈阳闯馆事件发生前的四个小时，日本驻华大使阿南惟茂曾在大使馆内召开的内部会议上表示，如有难民闯馆，“要把他们赶出去”。
其二是据反对党民主党调查团到中国所获得消息，有两名冲入领馆的男子曾将一封表明要投奔美国的英文信交给副领事，副领事看了一眼之后交还给他们。
日本外务省的解释是：此副领事不懂英语。
两个事实说明了一个问题：外务省官员基本上是在执行一条拒难民于馆外的政策。这项政策，如果再结合法务省对“难民”的一贯态度，问题就显得更加清楚。就以2000年来说，共有216人申请成为“难民”，仅有22人获得批准。至于2001年，申请者共有353宗，获得批准者仅有24宗。日本对“难民”既然是采取如此冷酷的态度，哪有资格摆出人权拥护者的姿态呢?至此、媒体抨击的主要矛头，从中国逐步转为外务省。
不过，仔细观察媒体报道与评论，不难发现到各界之抨击外务省，与其说是针对日本“人权外交”的政策，不如说是把重点放在外务省个别官员的“人权感觉”及其外交手腕的低劣。一名反对党的议员便公开表示∶“哪怕是说谎，我们都愿意相信外务省的说法，问题是要说得可以让人相信。”
至于一部分政要与报章将外务省内通晓中文的“中国通”，定位为“唯北京马首是瞻”的“亲中分子”，当然是无稽之谈。在日本的统治精英之间，有时难免有政策或派阀之间的论争，但在更多的情况下，扮演强硬派“压力集团”角色者之怒斥另一方，不外是要执行一条更加偏激的政策，或者为这些“中国通”在谈判桌上博取中方的“同情”，从而为日本争取更多的实际利益。其手法与时下修宪论者经常抨击内阁的法制局，认为它碍手碍脚，可以说是同出一辙。抨击者当然不会不知道在“扩大对宪法解释”（即曲解宪法）的过程中，法制局曾立下何等汗马功劳。在日本式的舆论诱导过程中，殴打者与挨打者的巧妙合作与表演(当然，有时也难免假戏真做)所取得的效果，是不可忽视的。
诉诸狭隘民族主义
在有关基本事实的论争位处下风之后，日相小泉纯一郎的拿手把戏，是诉诸于狭隘的民族主义。他迂怒于民主党，认为该党派代表团到中国，起着替中国传达声音的作用，是“自虐主义”。所谓“自虐主义”，是日本某些否定历史真相，主张歪曲历史者的口头禅。在他们看来，承认侵略的事实，无异于自我作贱，有损民族的“自尊”与“荣光”。
小泉在此事件上使用同一关键语，所要引申的含义是十分清楚的，即警告反对党应以日本“国益”为重，“家丑不可外扬”。
出自类似的思维方式与心情，近日来日本论坛对此事件的有关总结，已不再谈论对日本未必有利的“主权”与“人权”的争执问题，而是偏重于探讨日本外交的得失。一名亲官方的东京大学教授就对前述的“阿南大使谈话”的走漏事件甚表不满，认为事关公务员的纪律问题，不可等闲视之。
《朝日新闻》的一名前北京总局局长在一篇联名的总结短文中，则对日方这回没有好好掌握“有利”的地位深感惋惜，并归因于日方谈判手法的错误。作者认为，日本从“主权”问题转为将重点放在争取闯馆者被送往第三国的”人权”问题上，无疑大大地削弱了较早时强调中国应该”道歉”及“保证同样事件不再重演”的立场的正当性。
除此之外，从事件发生当天开始，日本媒体就不断强调“危机管理”的重要性。这意味着，日本媒体利用沈阳事件再次敲起“危机”的警钟，有意无意地诱导国民接受官方正在快马加鞭推行的修宪路线。沈阳闯馆事件的舆论导向、“有事(战争)立法”的审议和内阁秘书长福田放出重新检讨“无核三原则”的试探风球，表面上看来似乎是毫无关联或呈现矛盾现象，但深一层分析，三者是在相互呼应。