据《国防部审判战犯军事法庭判决》和《中国抗日战争图志》披露??
12月13日上午，日军分别从中华门、光华门、中山门、和平门入侵南京城。11时，日军第一次闯入安全区，当即枪杀20名因惊吓而奔跑的难民。在消灾庵内，枪杀尼姑4人、难民7人，对幸存者用刺刀戳毙。1人幸免于难。在武定门正觉寺集体枪杀17个僧人。在外龙华寺，将避难地下室的30个难民枪杀和刺杀。下午日本海军抵达下关，另一部分日军沿长江北岸攻至浦口。
12月14日，日军在太平乡将15个农民集体枪杀，在石观音17号内将8人集体枪杀。
12月15日，日军将2000余人押至汉中门外，将他们捆绑后用机枪射杀，再用木柴、汽油焚烧。晚，将1300人中的每100人分为一组射杀。夜，在鱼雷营屠杀9000余人。后又在宝塔桥一带屠杀3万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。14至15日，日军投入江中尸体3万余，运到掩埋地和烧毁地的有3万多。
12月16日，日军在中山码头前杀5000余人，后将尸体推入江中。在四条巷屠杀400余人，在阴阳营屠杀100多人。自本日起，日伪南京下关区区长刘连祥组织人力到下关、三汊河收尸掩埋，到1938年1月共收尸3240具。12月17日，日军将3000余人押至煤炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院将避难的400余人集体射杀。12月18日，日军在下关草鞋峡集体屠杀57400人。在下关南通路北边的麦地里射杀300余人。在大方巷难民区射杀4000余人。投入江中尸体3.5万具。5天内，日军处埋尸体5万。12月19日上午，日军在龙江桥江口射杀、焚烧500余人。尚有气息者，刺刀戳毙。12月，日军在燕子矶江边，屠杀5万余人。在鱼雷营屠杀3万余人。在凤台乡、花神庙屠杀7000余人。12月24日，中国红十字会南京分会共掩埋尸体22683具。12月26日，日军在金陵大学进行难民登记，将300余难民拖出屠杀。12月26日至1938年5月1日，慈善机构崇善堂共掩埋尸体104718具。12月31日，日军在宁海路难民登记处，屠杀200余人。在上海路广场屠杀2000余人。
1月2日，南京市民芮芳缘、张鸿儒组织难民30余人掩埋尸体7000余。湖南木商盛世征自费雇工，将上新河地区死难同胞尸体28730具埋葬。鸡鹅巷清真寺王寿仁用“南京回教公会掩埋队”的名义掩埋回族尸体400余具。慈善机构同善堂掩埋尸体7000余具。
据统计，世界红十字会在城内外掩埋尸体总计43121具，南京红十字会收埋22371具，崇善堂收埋112267具，同善堂共埋尸7000余具，回民掩埋队埋尸400具。仅此5个慈善团体收埋尸体就达18.5万余具。
1939年1月，伪政权为掩盖日军罪行，整理市容，防止瘟疫，对尸体也进行了掩埋。如伪下关区公所在下关、三汊河一带收埋尸体3240具；伪第一区公所在城东南一带收埋尸体1233具；伪南京市政公署命伪卫生局于1939年1月收集中山门外灵谷寺一带遗骨3000具，葬于灵谷寺之东。伪南京市政公署督办高冠吾为之立“无主孤魂碑”，并记述埋尸经过。
当时驻南京希特勒法西斯德国代表在向其政府的报告中写道：“他们（日军）是兽类的集团。屠杀、劫掠、纵火、奸杀……甚至以杀人竞赛的方式对南京城血洗。他们是一架正在开动的兽性机器。”据战后国际法庭认定，日军侵入南京后，一个半月内发生2万起以上强奸事件。据统计，被集体屠杀的达19万人以上，被零散屠杀的超过15万人，总计30万人以上。