一九三九年这个细菌杀人工厂刚建成，日伪当局就把以日本关东军第七三一部队驻地为中心，东至后二道沟，南至韩家店，西至正黄旗三屯、正黄旗四屯，北至新五屯的方圆三十二点二四平方公里的地方划为特别军事区域。在这个区域的四周插上界牌，日本关东军司令部颁布了一五三九号训令，规定“平房石井部队房屋（围墙以内）均指定为特别军事建筑物”，为保密起见，规定“在附件要图上所标明乙号地段内，禁区止建筑二层以上的新房屋”，“对民用航空（满洲航空株式会社）指定有航空线和禁航地带”。
　　 在这个区域内，由日本宪兵队和伪平房警察所严密地封锁着，并进行着法西斯式的专制管理。没有居住证明书不准停留，就连在田地劳动的农民，也得随身携带特别居住证明书。如果没有居住证明书，一经查出就以到此为政治嫌疑犯的罪名抓起来。在这个“特别军事区域"的上空有日本警备飞机巡航，严禁外部飞机进入这个空域。他们把从周家到平房站以北的孙家站这段路称作"六十里地国境线”，火车路过平房站，在前一站必须把窗帘放下，不准向车外?望。如有人向外偷看，就以政治嫌疑犯的罪名关进警察署。当时人们痛恨地说：“中国人在自已的国土上都没有人身自由！”这座细菌工厂建设用地大约有六点一平方公里。
　　 在细菌研究、生产和试验的中心区域，设立了两道防线： 第一道线，用高墙围着，墙上架设高压电网，墙外设置防护壕。在围墙四周设立东、南、西、北中处卫兵所。南门只允许七三一部队本部人员出入使用；西门平时关闭着，特殊情况可以使用，东门和北门是中国劳工上下班的必经之关。沿着围墙有日本军人巡逻，在动力班大烟囱、给水塔和“方型楼”的南北制高点设?望监视哨，主要监视中国人的行动。 第二道防线，设在“方型楼”的四周，圈有土墙，占地七万九千二百平方米。这里有一座连接式的三层高的方型高大建筑物，它的主楼走廊连通着总务部、诊疗部，还通过地下道连通解剖室和焚尸炉。这里是细菌研究、生产和试验的中心场所。在主楼两侧的空场上，设有两处秘密监狱，关押着被试验的人，由石井四郎的二哥次男刚男亲自管理。 "方型楼"这个地方，可以说是七三一部队的绝密要害部位，戒备森严，不仅中国人不得进入，而且日本 有关人员进入也得经过严格地审查，中国劳工只能在第二道防线以外被迫从事繁重的劳动。 为了保密，细菌工厂的建筑都由日本专业人员进行设计，由日本 关东军御用单位--铃木和大铃建设株式会社进行施工，中国劳工只是当作苦力去使用。他们从中国各地强抓或骗招大批中国劳工。劳动是强制性的，进来后每人的名字都以号码代替，每天出入工地都是日本兵武装押送。在细菌投产阶段，劳工的来源稍有变化，少部分劳工是从外地骗招来的，大部分是从"特别军事区"域内摊派而来。当时规定，凡是十七岁至五十岁男性劳动力，每年出劳役四个月。如果一家有三个劳动力，就得有一名劳动力长年服劳役。 无论是从外地骗招的劳工，还是从本地摊派的劳工，来到这里都失去了人身自由。对每个劳工颁发劳工证明书，每天上工前集合点名，还得集体背诵国民训。上工时，得出示劳工证明书，在工地上只能在指定地点劳动，不准东张西望，交头接耳，更不准和其它班的劳工接触。下工后路过门岗都得搜身检查。在劳工之间实行十人联保制，如果有一人“越轨”或逃跑，就拿其余九人是问。 劳工们的活动随时受到监视。对待劳工除了有劳务组织的大队长、中队长、小队长进行管理和监督外，还由日本班长进行全面管制。七三一部队还经常秘密派出“化妆劳工”，混进劳工的各个班，他们很少干活，对其他劳工进行秘密监视。有一次，一个“化妆劳工”向日本人打了个“小报告”，八木班的劳工赵玉良、张朝德被日本工头“大红脸”传了去，让他俩面对面的站立，相互打嘴巴子。他们管这种体罚叫打“协和嘴巴子”。
　　 一九四三年春，有一个海城来的劳工，因年纪大，人们叫他老李头。他在点名时晚到一步，被劳务中队长连打两面两个嘴巴子，把棉帽子都打掉了。接着有个叫竹烈的朝鲜人监工甩起鞭子把老李头抽得鼻口蹿血，差点病死。 七三一部队不管劳工们的死活。
　　 一九三七年春，河北省献县的赵殿启被骗招到平房，给七三一部队修筑日本家族宿舍，一天挑运砖十二三个小时，连橡子面都吃不饱，实在受不了，于当年秋天一个夜晚，和一同来的两个老乡一起逃出了虎口。
　　 一九四四年十月，进来了八百多名劳工，是用火车从海城、大石桥、锦州运来的。火车一到平房站就发现死了一个。当时说他是得了传染病，七三一部队以防疫为名迫使劳工脱光衣服，并把衣物都扔扔进大锅里进行热气消毒，衣服捞出来以后根本不能穿了。劳工们被隔离两天以后，光着身子被押进劳工棚里。劳工们连冻带饿，不少人病倒在炕上，死人的情况连续发生，不到两个月仅剩下二百多人了。据在劳力班当过劳工的潘义勇回忆，一九四二年七月，有个叫王纯的劳工，因上顿接下顿的吃苞米和橡子混合面窝窝头，得了肠梗阻，官方又不管，自已又没钱医治，不久就折腾死了。在劳力班当过劳工的金国忠曾看到海城劳工有十多个病倒了，官方不仅不给医治，还催促患病的劳工上工。第二天就有两个劳工病死，还是同屋的难友把尸体埋在“劳工坟”里。 据在七三一部队当过劳工的多人证实，正黄旗五屯北门外的“劳工坟”里，每天都有新增加的坟堆，仅四五年这里就埋葬中国劳工的尸体上千具，直到六十年代，这些坟包还显而易见。